Struktur organisasi Kantor Imigrasi Kelas II TPI Merauke meliputi Subbagian Tata Usaha, Seksi Lalu Lintas dan Izin Tinggal Keimigrasian, Seksi Teknologi Informasi dan Komunikasi Keimigrasian, Seksi Intelijen dan Penindakan Keimigrasian.